O adicional de insalubridade pode ser retirado da folha de pagamento do empregado se for eliminada a insalubridade?

Sim, a insalubridade for eliminada o adicional deixará de ser pago.
O trabalhador que está há tempo na função não tem direito a continuar recebendo o adicional de insalubridade. Neste caso não há direito adquirido.